من اهم اقسام المركز الذي يعنى بعمليات الفحص والتشخيص والمعالجة للمخطوطات داخل المركز او في العتبة المقدسة ،كما يقوم بعمليات فحص الاحبار قبل عمليات الترميم لمعرفة مدى تاثر المخطوطات بالماء او الكحول المستخدم في عمليات الترميم ، اضافة الى تحضير المواد المستخدمة في عجينة الورق المعدة للترميم .