يعنى قسم فهرسة وتصوير المخطوطات في المركز بمهام متعددة بدأ من استحصال كافة المعلومات التاريخية الخاصة بالكتاب المخطوط وحتى عمليات التبويب والفرز الخاصة بالموضوعات او الارشفة الالكترونية التي تسمح بكل يسر من الاستفادة من هذه المخطوطات في عمليات البحث والتحقيق والدراسة ، اضافة الى حفظ النسخ المصورة عن هذه المخطوطات بطرق واساليب حديثة واعداد البرامج الالكترونية الميسرة للمساعدة على الحفظ والتبويب بشكل يتيح سهولة البحث والاستخدام وجلب البيانات .